科學儀器中心之前身為民國四十八年為配合原子反應器長期運轉而成立之科學儀器組，隸屬於原子科學研究所(後改稱原子科學技術發展中心)其最初設置之目的是主要在擔任反應器之機械、電子儀表、實驗儀器之研製、維護等。隨著校務之發展及基於整合校內資源等各項因素之考量於民國七十二年研究發展委員會設置後，更名為科學儀器中心並改隸於研究發展委員處，有完整組織架構，較利於資源之統籌運用，提供全校各系所、實驗室及校外各研發單位之技術服務。主要任務為支援教學及研究，目前置有主任一人(教授兼任)、技士、技佐共六人，技工、工友共七人，設有機械及玻璃二工場，各類型傳統及數值控制機械設備共約七十台。
在支援教學方面─本中心已建立完備之實作環境及專業之技術人力，提供工學院大一學生之基礎實習，並對大三以上學生之專題研究提供整合實習課程；在研究生方面，本中心備有各種精密儀器設備可供其進行論文及相關研究之實驗或實習，並協助學生解決機械設計與實作之相關問題。
在支援研究方面─本中心目前有機械及玻璃二工場，有各型傳統機具、數控工具機及各式量具，可從事機械與玻璃之加工製造，接受校內、外委託之設計製作或修改各類零組件、夾治具、實驗設備及玻璃儀器等。另以電腦網站提供委製進度、意見交流等資訊，提昇服務品質。
未來發展─為因應製造技術之發展及技術服務之需要，本中心除繼續在原有之基礎上提供最佳之教學環境及技術支援外，更將積極提升成員之技術能力、工作熱誠及工作效率。此外，本中心亦將配合微機電校級整合型計畫之進行，致力於新技術之開發與推展，擬添購數值控制線切割機及微機電相關設備，專注於非矽材料及批次微加工製造技術之研發。期望未來可代工製造微機電零組件，並配合相關教學與研究開辦實習實作課程。